WooCommerceでBlock Based Checkoutを試していますが、PayPalが対応していないと出ます。いつ対応するか分かりますか？

ここですね。
https://github.com/woocommerce/woocommerce-paypal-payments/issues/211

現時点ではやはり対応していないようです。ただ、WooCommerce Blocksが別プラグインとしてではなく、WooCommerceの一部分になった頃には対応するのかなとは思います。